Победив последнего Ангела, NERV сталкивается с более зловещей угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную штаб-квартиру нападают боевики Seele. Рэй сливается с Лилит, а Синдзи предстоит сделать выбор — продолжит человечество существование или нет....

Инопланетянка Харухара Харуко сбивает на своем мотороллере учашегося начальной школы Нандаба Наота, но для достижения настоящего эффекта она бьет его своей гитарой по голове, после чего у него из образовавшейся на голове шишки... вырастает робот....