Синдзиро Хаята - сын Сина Хаяты, который был первым Ультраменом - наделён особенной силой. Однако узнаёт он об этом лишь когда подвергается нападению неизвестных. Ультрамен спасает Синдзиру и рассказывает о том, что он - его отец. Синдзиро надевает костюм Ультрамена, предоставленный мистером Идом, бывшим членом Специального научного поискового отряда, и решает отныне во всём помогать отцу. Впереди их ждёт большая битва....
2045 год. После масштабного экономического краха, известного как Синхронизированный глобальный дефолт, началось быстрое развитие искусственного интеллекта, и теперь человечество находится в состоянии так называемой Устойчивой войны.Бывшие члены 9-го отдела стали наёмниками и колесят по выжженному войной и солнцем западному побережью США, когда сталкиваются с невиданной доселе угрозой — постчеловеком, существом, по всем параметрам значительно превосходящим киборгов....
«Майор» Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники секретного Девятого отдела разрешают международный кризис с заложниками, ведут охоту на самовольно покинувший полигон шагающий танк и расследуют серию самоубийств андроидов устаревшей модели. Когда погибает старый друг Тогусы, оперативники выходят на след загадочного хакера по кличке Смеющийся Человек....
Лос-Анджелес, 2032 год. Девушка приходит в себя и ничего не может вспомнить, зато обнаруживает, что обладает смертоносными навыками, татуировкой в виде чёрного лотоса и странным устройством. Пытаясь вернуть воспоминания, она начинает поиски истины....